Сайты бывают разные. Но в большинстве случаев адаптивный дизайн – лучшее решение. Удобно для разработчика, поисковой системы и для пользователя в первую очередь. По сути сайт открывается в браузере один и тот же, но адаптируется под размеры экрана. Мобильная версия сайта открывается под другим доменом и представляет собой абсолютно другой интерфейс но с той же базой данных.
Но есть ещё более грамотное решение. Гибридный дизайн. Суть работы заключается в адаптивной вёрстке, но средствами php определяется юзерагент и в случае мобильности в адаптивной вёрстке отключается в том же php вывод не нужных элементов на мобильном устройстве. Тем самым ускоряется загрузка и упрощается интерфейс сайта.